Salut,
Pour PHP j'ai pas de références. Pour le JS, une petite liste de livres connus et reconnus, tu peux y aller sans risques :
Débutant :
- Javascript, The Definitive Guide (attention, très gros pavé)
- JQuery Pocket Reference (qui est compris dans The Definitive Guide)
- Eloquent Javascript
Intermédiaire :
- Javascript, The Good Parts
- Effective Javascript
- Secrets of the Javascript Ninja
- Javascript Patterns
- You don't know JS : Scopes & Closures
- The Principle of Object-Oriented Javascript
- Expert Javascript
- Testable Javascript (suites de test en JS)
Avancé :
- Async Javascript
- High-performance Javascript
Ecosystème (tous niveaux) :
- The Little Book on CoffeeScript
- Automate with Grunt
Et pour une construction d'une SPA (single-page application) complète, de A à Z et avec uniquement du JS (côté serveur comme client), tu as l'excellent Single-Page Web Applications, à lire une fois confortable en JS et éventuellement quelques fondamentaux en nodejs (pour les fondamentaux node : NodeJS The Right Way, NodeJS in Action).