Il existe aussi un moyen très simple, c'est sauvegarder dans un fichier texte à la main.
Ca fait aussi des formats qui sont plus lisibles et plus portables et dont tu vas pouvoir prendre en charge même après avoir fait évoluer ton soft.
La sérialisation java pour envoyer un objet sur le réseau ok, pour décharger une structure longue à initialiser mais reproductible (style un gros index ou automate) ok, mais à des fins de sauvegarde je trouve que c'est pas forcément l'idéal.
Si le problème c'est de devoir écrire un peu plus de code. Perso j'utilise beaucoup les libs du style jackson (JSON) ou même jaxb (XML) pour rapidement passer de POJO java vers du texte et vice-versa, c'est aussi très commode.