"Linux : Mais donc, pas possible qu'au lancement du programme, une fenêtre s'affiche pour permettre à l'utilisateur de rentrer ses arguments lui même ? "
Non, sauf à faire un menu.
Regarde comment sont fait les commandes Linux. Tu as généralement un "USAGE" (ou un extrait du man) quand il n'y a aucun argument pour indiquer comment l'utiliser et quelle est l'utilité.
Sinon oui, le terminal Mac est très proche du terminal Linux.
Voici un lien pour entrer des arguments à ta config' de lancement : http://www.cs.colostate.edu/helpdocs/eclipseCommLineArgs.html
De mémoire (ça fait juste 3 ans que je n'utilise plus Eclipse), ça a l'air d'être à jour.