Plein plein de trucs, y en a vraiment un paquet (faudrait trouver un site qui liste tout ou un truc comme ça). Ca va du détail minuscule ("saké", qui est une bière est devenu "soda"), au trucs plus graves comme un villageois dans la version US dans Zeal qui te sors que Janus est le demi-frère de Schala (c´est le seul qui dit ça dans tout le jeu), alors que dans la version Jap et le reste de la version US Janus est évidemment le frère "entier" de Schala.
Et par exemple la version US nous barratine un truc sur une Entité qui aurait guidé le groupe etc. alors qu´en Jap il est impliqué clairement tout au long du jeu que cette entité c´est la Planète/la Terre/Mère Nature/etc., Mère Nature qui d´ailleurs était vénérée par Ayla et autres Reptites.
Et puis il paraît que Frog parlait comme une sorte de "Rônin" (samourai devenu vagabond), donc un peu comme un cow-boy pas poli et pas du tout comme un gentleman parlant ancien-anglais (il traite Magus de "sale batard au teint pâle"
).
Et même au niveau du scénario y a des différences, par exemple dans la version US, on a l´impression que les Mystics sont des envahisseurs qui veulent envahir Guardia, mais dans la version jap en fait les Mystics vivaient DANS Guardia à une époque, et ont été viré, ce qui a crée la guerre (c´est les humains les aggresseurs donc!).