L’équipe de Selphie se dirige vers la base de lancement de Galbadia, près de la prison du désert. Entrez en vous déguisant et parlez à tout le monde. Un soldat vous demandera d’apporter un message à un de ses collègues.
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Le soldat en question s’occupe des têtes des missiles, trouvez-le et retournez faire votre rapport. Le soldat vous demandera d’aller dans la salle de contrôle à sa place où Selphie se défoulera sur le matériel. En sortant, un soldat vous interrogera.
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Vous pouvez garder vos déguisements et éviter ainsi les combats ou bien les enlever et … place à la force brute ! N’oubliez pas de détruire l’ordinateur près de la porte (il contrôle la direction des missiles). Montez dans la salle principale où vous devrez combattre puis activer l’autodestruction de la base.
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La porte sur le coté ne s’ouvre que quand le compte à rebours est en dessous de vingt minutes. Tout le monde s’enfuie et vous devez combattre un gigantesque robot quand vous atteignez la surface. Quand vous l’aurez vaincu, son corps bloquera la sortie et vous assisterez au lancement des missiles et à la destruction de la base…
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L´université de Balamb a bizarrement changé quand Squall arrive et on vous demande si vous êtes avec le Maître ou Cid. Choisissez le Maître et vous éviterez de nombreux combats. Dans le hall, Squall trouvera une silhouette familière qui monte dans l’ascenseur (la fille de la mission de Dollet). Elle vous dira que Cid est retranché dans ses appartements. Allez le voir et parlez-lui des missiles.
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Il vous donnera la clé pour descendre dans les sous-sols de l´université. Squall trouvera un passage dans le sol quand l’ascenseur s’arrêtera. Suivez-le jusqu’à un levier qui ouvrira la porte du pont. Deux monstres bloquent le pont, passez-le et mettez la machine en marche. Le sol tremblera et vous vous retrouverez chez Cid. L´université s’est envolé juste à temps pour éviter les missiles! Le conflit entre le Maître et Cid s’est calmé après l’attaque. Dans la cour, un homme vous dira de prendre l’ascenseur pour aller voir le Maître. Ce dernier vous attaque (attaquez quand la lumière devient jaune et récupérez le GF Léviathan). Allez voir Cid pour lui poser des questions et un mystérieux vaisseau blanc s’approchera de la BGU. Trouvez Ellone dans la bibliothèque et l’équipage du vaisseau blanc la prendra à son bord. Cid ne pilote pas très bien et la BGU s’écrasera à Horizon. Squall doit aller faire des excuses et explorer l’endroit. En retournant a la BGU, vous apprendrez qu’une armée de Galbadia est arrivée sur place. Participez au combat et affrontez à nouveau le grand robot de la bases des missiles. Vous verrez alors que l’équipe de Selphie a survécu. Discutez avec elle et attendez d’être convoqué par Cid. Ce dernier a décidé de déclarer la guerre à Edea et vous nomme général. Vos amis organisent alors une fête où vous converserez longuement avec Linoa. Après cela, vous êtes libre d’aller où vous voulez avec la BGU.
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Profitez-en pour récupérer le GF Odin dans les ruines Centra. Allez ensuite à Balamb qui est maintenant sous le contrôle de Galbadia. Personne n’a le droit de quitter la ville mais Squall pourra se reposer dans la maison de Zell. Discutez avec les soldats et vous apprendrez que le commandant à fait cuire du poisson dans la maison de Zell. Questionnez la mère de Zell qui vous confirmera la chose. Sur le quai un chien sentira l’odeur et vous conduira jusqu’au commandant. Suivez-le jusqu’à l’hôtel et combattez-le. Selphie vous demandera d’amener la BGU jusqu’à Trabia dans la zone nord. Ce dernier a apparemment été endommagé par l’attaque de missiles. Selphie va voir si tout le monde va bien. Retrouvez-la ensuite au cimetière et après une conversation avec elle retournez au parc pour assister à l’assemblée anti-Galbadia qui prend la décision de riposter. Après les discutions autour des souvenirs d’enfance, tout le monde décide de retourner à l’orphelinat au sud (facilement repérable grâce au phare).
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Après de longues conversations, vous tomberez nez à nez avec Galbadia Garden en sortant de l’orphelinat, Galbadia qui est devenu la forteresse d’Edea. Squall patrouille dans les alentours et Zell mène une équipe vers l’arrière et demande à Squall de lui donner un anneau. Ce dernier est convoqué alors que Galbadia commence son attaque. Zell s’occupe de la défense et Linoa tombe dans un trou quand les universités s’écrasent. Squall doit aller combattre de nouveaux assaillants dans la salle de classe avant d’être convoqué chez Cid. Tout le monde est d’accord pour lancer la riposte. En arrivant au 2ème étage, allez chercher l’enfant nommé Marc au fond de l’allée. Allez ensuite au secours de Linoa après un nouveau combat contre des soldats ennemis. Traversez le champ de bataille et allez vers la porte de derrière de Galbadia Garden. Linoa vous demandera le nom de l’anneau que vous avez donné à Zell. Rassemblez-vous avec les autres à l’intérieur. La plupart des portes sont bloquées et vous devrez trouver les étudiants qui ont les clés correspondantes. Quand vous avez accès à toutes la portes, récupérez Cerbere dans le hall principal. Seifer et Edea vous attendent dans la chambre du Maître. Cette dernière disparaîtra quand vous aurez vaincu Seifer.
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Allez à l´amphithéatre au même étage et retrouvez-y Edea. Combattez à nouveau Seifer puis Edea vous attaquera (n’oubliez pas de récupérer la GF Alexandre) et finira par tomber.
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Disque 3

Squall retourne dans sa chambre après la bataille entre les deux universités et ne comprend pas la réaction de Linoa d’autant plus qu’elle est maintenant dans le coma. Dirigez-vous vers la maison d’Edea et vous la trouverez en conversation avec Cid. Tuez ensuite le dragon quand vous prenez le contrôle de Laguna. Edea vous demandera ensuite de rechercher Ellone et le bateau blanc que vous trouverez dans une crique au nord de la maison d’Edea (l’orphelinat). Discutez avec l’équipage et partez ensuite pour la ville d’Esthar afin de suivre la piste d’Ellone. Tuez le mort-vivant qui vous bloque le passage et pénétrez dans la ville. Combattez vos adversaires en tant que Laguna et libérez la petite Ellone. Le docteur expliquera ensuite à Squall que Ellone est dans la station lunaire et que vous devez monter à bord du Lunatic Pandora pour vous y rendre (à coté du laboratoire, du magasin d’objets ou à droite de ce magasin).
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Visitez-le avant d’arriver à la station lunaire. Une fois sur place, retrouvez Ellone au deuxième niveau et suivez les instructions pour réveiller Linoa. Suivez-la et regardez-la briser les deux sceaux puis rejoignez Ellone dans la salle de contrôle et suivez-la pour vous échapper. Gardez Linoa en vue et allez à son secours puis prenez le contrôle du vaisseau Hydre après avoir tué les aliens (par paires de couleurs). Arrivés à Esthar, des soldats emmènent Linoa. Selphie sait comment diriger le vaisseau, allez sauver Linoa au Musée de la Sorcière puis, à sa demande, retournez à la maison d’Edea. Suivez le chien jusqu’à la plage et attendez Linoa. Allez au palais d’Esthar et vous rencontrerez Laguna. Prenez ensuite l´Hydre et attaquez le Pandora, débarrassez-vous de Raijin et de Fujin, prenez l’ascenseur et combattez Anakronox puis Seifer. Enfin, continuez à monter pour affronter Adel (seulement avec des attaques ciblées pour ne pas blesser Linoa).
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