Ca dépend, en fait le jeu comprend 4 "modes de jeu".
Le 1er où tu es sur une carte de la ville et où tu visites plusieurs bâtiments, pour acheter du matériel pour ton bateau ou pour obtenir des quêtes.
Le 2nd où tu contrôles directement ton bateau et où tu te ballades sur les eaux. Tu peux attaquer d'autres navires pour les piller ou les capturer. Tu peux également aller sur les autres îles pour faire du commerce et avoir de nouvelles quêtes, etc.
Le 3ème mode c'est justement la capture d'un bateau. C'est le seul véritable moment où tu contrôles ton personnage, dans un duel de sabres. Tu dois pousser ton adversaire à la mer.
Enfin, le 4ème mode consiste à capturer une île. Tu lances tous tes pirates à terre et tu te lances dans des combats façons jeu de stratégie/tactique.