Je ne vais pas vraiment répondre à ta question car je n´ai pas de solution: effectivement, il n´y a pas moyen de collecter nous même les ressources en fin de mission, ce qui est bien dommage.
Dans ce cas, lorsque la mission le permet, je temporise en faisant exprès de ne pas terminer la mission. Par exemple, à un moment donné, on nous demande de rechercher 3 débrits de noyaux hyperspaciaux.
On peut detruire les adversaires, puis rechercher ces noyaux par la suite. On dispose le dernier noyau pres du vaisseau mere, on sauvegarde, et on peut à ce moment là modifier notre flotte, en vue de la mission suivante.