ça ne change rien.
Tu peux garder ta partition /home mais je te conseille de supprimer le dossier ~/.config car tu auras peut être des conflits si tu ne le fais pas.
Par contre, si tu prends autre chose que Ubuntu, ce qui est souhaitable, il faut penser à désactiver le Secure Boot.
La nouvelle distribution va réinstaller le bootloader et donc, supprimer ton ancienne entrée dans le menu.