Salut,
En copiant le dossier ~/.mozilla tu va sauvegarder tes réglages pour Firefox et Thunderbird.
Il n'y a pas de soucis de compatibilité en général, si les versions de Firefox et Thunderbird sont les mêmes que sous Fedora ou bien en version supérieures.
Pour sauvegarder tout ton home, tu peux faire une archive compressée avec Clonezilla en utilisant un disque dur externe par exemple.
La partition de destination sur ton nouveau PC devra être de taille égale ou supérieure pour pouvoir la restaurer.
Ensuite, à l'install d'Archlinux, il faudra monter cette partition sous le point de montage /mnt/home et ne PAS la formater avec mkfs.ext4 comme indiqué dans le Beginner's Guide.
Enfin, tu pourras générer ton fstab en fonction de tes partitions.
Et je te conseille de ré-ouvrir le fstab à la main pour voir si la configuration est bien la bonne.
Histoire de bien s'assurer qu'il n'y aura pas de mauvaises surprises.
Pour Windows 8 :
Pense à désactiver le Secure Boot dans l'UEFI et le démarrage rapide de Windows 8 dans le panneau de configuration.
C'est très bien expliqué sur le net.
Pour connaître la touche à appuyer pour accéder à l'UEFI au démarrage du PC, reporte toi au manuel utilisateur de ton PC