c'est justement pour éviter ce genre de problèmes que l'on boote en runlevel 3 pour faire les grosses mises à jour.
M'enfin t'es sous Fedora et avec systemd, le concept de runlevel n'existe plus.
Donc regarde son équivalent et modifie la config de systemd pour booter de cette manière là le temps de faire la mise à jour.
Bien sûr, ce sera en TTY et donc faut utiliser l'outil en ligne de commande.