Je ne vois pas en quoi Linux serait responsable de ça.
Par contre, il serait intéressant que tu mentionnes (si possible) les fournisseurs d'accès impliqués (celui chez qui ça tourne bien, et l'autre).
Pour ma part je suis passé chez Free depuis quelques mois maintenant, rien à redire par rapport à mon ancien opérateur (débit x2), MAIS. Parfois, pour des raisons que j'ignore (et que je préfère ignorer, car ça pourrait m'énerver), la liaison avec les serveurs de chez Akamai (censés faire du cache pour redistribuer plus rapidement le contenu dans différentes zones du net) est littéralement foireuse.
Ça ne m'est plus arrivé depuis un bon moment maintenant mais quelques mois auparavant, j'ai eu à raison d'une fois par jour pendant environ une heure des ralentissements sévères dans tous les téléchargements sur les serveurs de cache de FB.
Enfin bref, on sait que les fournisseurs d'accès usent parfois de techniques plus ou moins douteuses pour faire des économies / se dispenser de maintenance autant que possible sur leurs installations, donc ton problème peut très bien venir de ton FAI et non de ton OS. Contrairement à une croyance commune, ce n'est pas parce que ton débit est haut et ta latence basse, que tous les sites te sont parfaitement accessibles à un instant t depuis ta ligne.