Alors on va y aller par étapes.
1. Kali, déjà que c'est merdique en live, ça ne s'installe PAS en dur. C'est pas fait pour, c'était la même chose avec BackTrack. Déjà que l'intérêt de ces distros est de moins en moins marqué (à une époque, BackTrack était configurée de façon intéressante, du point de vue "protection de la vie privée" pour l'utilisateur... Kali n'a pas hérité de ça), si c'est pour obtenir un système installé sur disque, autant opter pour Debian, la _vraie_.
2. « J'ai utilisé Wine pour installer MS Office. Foireux, ça ne démarre pas »
C'est normal et c'est bien fait. Soit tu as mal lu http://appdb.winehq.org/appview.php?appId=31 (ou pas lu du tout, dans ce cas c'est méga-bien-fait), soit tu as lu et suivi mais ça n'a pas fonctionné, et du coup je t'invite à relire les spécifications de Microsoft Office. Car oui, ce soft est conçu pour tourner sur Windows (cf. http://technet.microsoft.com/fr-fr/library/ee624351.aspx ), donc si ça fonctionne avec Wine tant mieux, mais dans le cas contraire il n'y a rien à faire (et surtout tu n'as pas le droit de t'en plaindre*).
Pour la suite de tes emmerdes avec Wine: ce dernier est connu pour laisser des traces partout, deal with it. Je me répète mais va falloir que tu te passes de ce logiciel.
3. Non, on ne lance pas l'environnement graphique avec root, point. C'est juste crétin, quel que soit le motif si tu as à faire ça c'est que tu n'as juste rien compris au principe de séparation des privilèges sous Linux.