J'ai déjà eu ce souci, et j'avais utilisé la solution évoquée ici : https://faq.i3wm.org/question/377/disconnecting-external-monitor/
Dans mon cas, mon 2e écran est DVI-I-2, après l'avoir déconnecté j'exécute xrandr --output DVI-I-2 --off et i3 réadapte les workspace sur l'écran restant.
Lors du rebranchement, je le repasse en xrandr --output DVI-I-2 --auto && xrandr --output DVI-I-2 --right-of DVI-I-1.
Sur un moteur de recherche c'est le premier lien que j'ai trouvé pour « i3 disconnect screen » BTW.