L'une est issue de la fonction infix 'additionalKeys', l'autre de la fonction 'additionalKeysP', tout simplement.
Plus sérieusement, la première (deuxième dans mon fichier je crois) permet d'utiliser les raccourcis xkbmap pour définir des binds. Comme tu le vois c'est long, lourd et chiant à définir.
La seconde (première dans la conf) utilise, elle, la méthode apportée par un module, qui permet de définir les bindings façon emacs (comme tu le vois, de façon bien plus claire et concise).
Pourquoi les deux, alors? Parce que la seconde ne supporte pas toutes les touches, encore moins les touches exotiques des claviers français. Pour ces touches, je suis donc obligé de basculer sur la méthode de base pour utiliser directement l'identifiant xkbmap de la touche.