Je n'utilise pas Skype, mais peut être que ce dernier fait en sorte que PulseAudio (la pile audio par défaut sous Ubuntu) baisse les volumes des autres applications pendant qu'il tourne.
(sous Windows, les applis de visioconférence peuvent faire ça)
En bref, fouille bien dans tes réglages de Skype pour voir s'il n'y aurait pas une option du genre d'activée.