mhh.
T'as un "home" Linux ou Windows qui est séparé ?
Tu ne risque pas d'infection sur tes partitions si elle ne sont pas montées automatiquement au démarrage de ta distrib.
C'est à dire si t'as des entrées dans ton fstab qui permettent le montage permanent de partitions.
Utilise le montage dynamique comme c'est le cas sur pratiquement tous les DE/WM et c'est bon.
Mais c'est pas une raison pour stocker des cr@cks ou je ne sais quoi sur ta distrib GNU/Linux.