Si ça n'affecte pas le système, oui c'est inoffensif.
Le mec qui débute n'a aucune raison d'avoir le même problème que l'auteur. Dans son cas c'est assez hallucinant, ça fait des années qu'il n'a pas mis à jour son système sur un Ubuntu complètement buggué (regardez les 751 MaJs dans ses logs), à peu près n'importe quel problème devrait se régler par un autre, dans ces cas-là.
Si ça a marché pour lui tant mieux, même si j'ai du mal à comprendre, mais comme je l'ai dit dans des situations où le système est infirme à ce point un rien peut tout changer. Dans tous les cas oui, cette commande est inoffensive.
En plus si tu regarde les dossiers supprimés, ce sont ceux de gnome, gnome2, gconf et metacity. Ils contiennent un peu les configs (raccourcis claviers, ordre des boutons sur les fenêtres, ...) mais l'essentiel d'une config de bureau est ailleurs. Même en supprimant ça sans le vouloir, ça ferait pas bien de dégâts.