Déjà ça doit venir des ombres, le problème, pas de la transparence.
Je vois pas trop sinon, mais si tu cherche déjà des alternatives, tu peux essayer Compton, ça marchera peut-être 
Sinon, dans ce dernier (et peut-être les autres que tu utilise, je sais pas) tu as une option dans le fichier de configuration pour ne pas avoir d'ombre sur les fenêtre, en fonction de leur type, classe ou nom (exact ou non). Tu pourrais par exemple le faire pour Docky...?
Sous compton, ça serait
shadow-exclude = "g:si:Docky";
Donc soit tu essaye avec Compton (déjà, voir si t'as toujours le même problème) avec le shadow-exclude, soit tu trouve l'équivalent pour cairo-comp ou xcompmgr. Je sais pas si ça réglera ton problème, mais perso j'avais le même soucis avec Conky et ça a marché impec' 