Tout ne se lance pas en console et pour Minecraft, tu peux le lancer de la même manière que sur Windows (Java est Java, il lis les .jar de la même manière)
Pour commencer, Tu utilises quel Ubuntu ? parce qu'il me semble que sur 12.04, OpenJDK 6 est présent mais retiré de 12.10 donc à savoir si tu l'as déjà
ensuite, pour un .jar, il faut le rendre exécutable. mes connaissances ne sont pas extravagantes donc je ne peux pas te confirmer le fait qu'il faille qu'il soit exécutable ou non (pour un .jar) car j'ai eu des expériences différentes selon les distributions.
Admettons que ce soit le cas, ouvre un terminal, déplace toi dans le dossier qui contient ton .jar et fait un "chmod +x minecraft.jar" (sans les guillemets)
Puis clique droit sur minecraft.jar puis Ouvrir avec "OpenJDK java 6 Runtime" (du moins, sous Xfce, le message est le suivant mais bon, tu le reconnaitra)