J'ai une CM avec l'UEFI (ASRock 970 Extreme3 pour ton info) et à part l'interface graphique qui change je ne vois pas d'autre changement. Ça ne m'a jamais empêché d'installer quoique ce soit; Win7, Arch Linux, FreeBSD et Debian tous sans soucis.
Si tu dois lui faire installer GNU/Linux, tant qu'à faire oublie Ubuntu et orientes-toi plutôt vers Fedora, Debian (peut-être éviter Squeeze si t'as du matos trop récent) ou Linux Mint Debian Edition.
Ensuite, monter son propre PC c'est franchement pas difficile, au pire t'y passeras 2 heures la première fois mais au moins tu seras content de l'avoir fait (et ça te permettra de le refaire sans soucis) et aussi t'économiseras de l'argent.
Pour les pièces c'est pareil, ton informaticien est certainement au moins 10% plus cher que sur le net (si c'est pas plus). Perso j'y vais uniquement en dernier recours pour des bricoles, et en plus ceux à côté de chez moi, suivant qui c'est parce que ça tourne souvent, c'est des cons -SabComputer pour ne pas les citer-
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La carte graphique qu'il veut te refourguer, franchement pas top, même si ok tu ne comptes pas jouer ou très peu. Avec un si petit rad, j'ai bien peur qu'elle chauffe rapidement.
Et sinon, non je ne pense pas qu'elle te pose un problème de compatibilité.
Ce serait pas mal de voir le devis, histoire de savoir si ce qu'il te propose est assez équilibré. Car si il te met un Core i7 avec une CG pourrie... 
L'alim est très importante aussi, une Advance de 750W c'est de la merde et ça risque de griller à tout moment, alors qu'avec une Corsair de 500W t'auras pas de soucis. Et à moins d'avoir un PC d'Ultra Gamer de la mort qui tue, une 500W ou 550W (de bonne marque : Corsair, Antec, Fortron, et d'autres) suffit largement dans la plupart des cas.
Pour terminer, ce que je te disais, tu peux très bien tout acheter sur le net, et même aussi te le faire monter directement par le site si vraiment tu t'en sens pas capable (beaucoup de sites proposent cette option et ça te reviendra toujours moins cher que chez ton informaticien).
Il serait bon de savoir aussi ton utilisation prévue + matériel convoité.
Pavé César ! 