Le mieux, c'est sûrement de récupérer la liste des paquets utiles, puis d'installer ceux qui manquent - éventuellement.
Je ne fais personnellement pas confiance à la "Logithèque Ubuntu" ; elle masque les messages utiles qui apparaissent en console, et parfois, comme c'est peut-être le cas, elle n'installe pas tout ce dont on pourrait vraiment avoir besoin - je ne parle pas des plantages.
Donc, dans un premier temps, apt-cache search "mupen64" pour obtenir la liste intégrale des paquets.
Récupère les noms de tous les paquets qui t'intéressent - tu n'as pas besoin des paquets *-dbg, debug. Enchaîne avec apt-get install <les noms de tes paquets>, en cas de doute, met-les tous.
Enfin, cd <chemin vers ton fichier>, puis mupen64plus <le nom de ton fichier>.