99% du code est le même mais il existe tout de même des différences, notamment dans la gestion du système de fichier qui admet certains comportements différents selon le système. Je ferai aussi référence aux shell_exec et system qui ne pourront être commun entre plusieurs serveurs web sur différents systèmes.
En dehors de ça, que tu développes sous Windows, Mac OS ou un Linux lambda, c'est du pareil au même. Seuls les outils pourront varier (grep, sed, awk, le shell type zsh ou bash, ssh & co sont trop présents dans mes méthodes actuelles pour que je puisse demain développer sur autre chose qu'un linux).