Ha, tu as les sous-titres dans un fichier à coté.
Tu as l'option "-subpos" qui prend un nombre entre 0 et 100 (pourcentage) pour régler la position verticale des sous-titres, mais j'ignore si mencoder accepte ça.
Si c'est seulement une option de mplayer, tu peux toujours coupler avec -dumpstream, puis réencoder le dump avec mencoder.