zavicks: oui et non. En vrai :
1. il n'a pas de raisons de faire ça par défaut,
2. quand bien même il fait ça, c'est pas vraiment un problème tant qu'on chainloade vers ce qu'il faut.
En tout cas, j'ai sur cette machine une situtation proche de celle de l'OP, et je peux booter sous windows sans soucis.
Sinon, il y a effectivement des risques avec la « réparation de windows ». À partir d'un CD fourni avec un laptop, ça peut donner tout et surtout n'importe quoi (petite pensée pour mon CD made by Acer qui écrase bêtement les 10 premiers Go du disque sans se poser de questions sur le partitionnement actuel !).
Bref, je voudrais m'assurer en premier lieu que ce n'est pas une faute évidente de grub qui mène à cette pagaille. Si ce n'est pas le cas, il faudra réfléchir à la façon de « calmer » windows.