« je precise que j'ai pas testé cette manip, »
alors ne cite pas un tutoriel pris au hasard dans google.
J'ai une confiance relative en le deuxième (qui est hébergé par le site de la distro frugalware). En revanche, je n'ai par défaut absolument aucune confiance en ton premier lien (et toi non plus vu ce que tu viens de dire).
HiroVaast: pour les sous-titres, il faut parfois (pas toujours, c'est la magie de avidemux) ajouter explicitement un filtre (dans je ne sais plus quel menu) auquel on donne le fichier de sous-titre.
Après, mes nombreuses expériences avec du mkv et avidemux se sont toutes soldées par des échecs (video et son décalés, pas de sous-titres, deux sous-titres superposés, son deux fois trop rapide, etc). Donc je te conseille aussi mencoder.