Je suis encore étudiant pour quelques mois :D Et bientôt, en stage en entreprise pour de l'administration système Debian a priori

C'est vrai que gentoo peut être assez fatiguante. Mais utiliser une Debian au quotidien, c'est pas super difficile et pourtant assez formateur. En plus, c'est beaucoup utilisé en production.
Installer une Ubuntu en VM et la lancer 2 heures / semaine pour un tp, ça ne sert à rien...

"Moi je milite pour des TPs de gestion de paquets par exemple (bref, des TPs de « Linux au quotidien »)."

C'est bien ça Ca fait partie des bases d'administration système.
La ligne de commande, c'est pas sorcier, c'est juste de l'utilisation. Exécuter un exécutable (!) avec des paramètres, c'est quand même pas monstrueux pour des informaticiens... Ca ne devrait pas faire peur...

Là je suis dans une licence pro très orientée logiciels libres, et c'est vraiment la première année que j'ai des cours de qualité sur Linux.
D'ailleurs, Debian Squeeze est imposée ^^

La ligne de commande, c'est pas sorcier, mais on peut vivre sans. Dans mon cadre, enseigner ça et donc un non-sens complet. Les rares étudiants non-informaticiens de Lyon 1 qui utiliseront Linux après seront : soit les (info-)geeks (dans le noble sens du terme ), soit des gens à qui on aura installé Linux et qui auront (au plus) juste à administrer un minimum la bête (ie mettre à jour et installer qqs paquets manquants).
Donc enseigner la ligne de commande, ce n'est pas franchement utile. Et l'installation d'Ubuntu dans une VM, j'en parle même pas.

Je pense qu'il faut juste avoir un tout petit de vocabulaire histoire de savoir quoi faire en cas de pépin quand on demande : « que donne la commande "dmesg | tail" ? ». Mais ça, ça ne demande que les compétences « lancer une application » et « copier-coller ».