Pour tout ceux qui ont, comme moi, des problèmes pour lire certains fichiers .mkv avec une version récente de mplayer, je propose d'utiliser l'option "-demuxer lavf".
Apparemment, le demuxer dédié au format mkv est foireux, et donc il vaut mieux utiliser le demuxer génériqye lavf. En tout cas, je peux de nouveau voir des .mkv avec mplayer grâce à ça, en attendant que ça bouge dans ce rapport de bogue :
http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=595452