Beaucoup de fps basés sur le Quake Engine en fait.. Urban Terror restant le plus fun à mes yeux
Également un certain nombre (qui va continuer de croitre) de jeux indés, ceux vendus dans les "Humble Indie Bundle" sont tous portés sous linux, voir même rendus opensource pour certain (Aquaria, Lugaru, Gish...). La série des Penumbra/Amnesia peut également être joué nativement sous linux. Par contre c'est du payant, je sais pas si la gratuité était un prérequis
Sinon... Dwarf Fortress 