Gentoo, ça prend deux mois à installer, alors que Ubuntu c'est deux heures maximum.
En fait Ubuntu c'est une usine à gaz, parce que c'est une distrib' qui contient un maximum de packages afin de satisfaire le plus grand nombre de gens possible.
Gentoo, c'est léger, donc beaucoup plus performant (on peut jouer à Crysis sous Gentoo, alors que sur Ubuntu, quand tu lances Crysis ton pc freeze).
Mais si tu veux installer une Gentoo, j'espère que tu aimes la commande make, parce qu'à l'install' tu commences par compiler toi-même ton noyau =)
Voilà la (ou les) différence(s).
Autre chose importante, le gestionnaire de paquets est complètement différent des autres distrib' (portage).
Pour moi le package manager est quelque chose de déterminant dans le choix d'une distrib' (perso, j'utilise Fedora, donc le package manager c'est Yum, qui selon moi, est le meilleur, ou en tout cas, celui qui correspond le plus à mes besoins).