Toute la configuration du système est dans le dossier /etc.
Quand à la configuration propre à ton compte utilisateur, elle est dans les fichiers/dossiers de ton home dont le nom commençe par un . (ce qui en fait des fichiers cachés).
Pour plus d'information sur un fichier précis, lis la page de manuel correspondante. Exemple pour /etc/fstab (probablement l'un des premiers fichiers que tu vas vouloir modifier) :
$ man fstab