Il suffit de bien sauvegarder les bons fichiers de configuration.
Pour le firewall tout dépend de ce que tu utilises, si c'est Iptables, doit y avoir un fichier conf à enregistrer (je me souviens plus de son emplacement exact), pour les autres ça doit être la même chose.
Pour Thunderbird, comme tout pour tout programme non root, tous les profils, configurations, sont sauvegardés dans les répertoires Home de chaque utilisateur sous forme d'un dossier caché de type .thunderbird. Il te suffit de sauvegarder ce dossier.
Sinon essaie toujours de mettre le /home sur une autre partoche par rapport à /
Exemple, je viens de migrer de Kubuntu 7.10 à Mandriva 2009 et j'ai juste eu à formater mon /, installer Mandriva et qqes applis et tout roule au poil, sans avoir touché à mon home, j'avais donc direct mes extensions Firefox, mes réglages, mes paramètres KDE, ma bibli Amarok etc...