Déjà, essaie :
sudo aptitude clean
Si ton home est dans la partition racine, tu auras fais un sacré ménage.
Ensuite, les commandes de bases sont :
ls (liste les fichiers/dossiers dans le répertoire courant). Pour voir les fichiers caché (les .truc), fais 'ls -a'
cd (pour se déplacer dans l'arborescence) :
cd toto -> entrer dans toto
cd .. -> revenir en arrière
rm (pour supprimer)
Enfin, pour savoir ce qui prend de la place, je te conseille :
du -h --max-depth=1 | less
(flèche du bas pour faire défiler, q pour quitter)