Tu as désinstallé le noyau comment ?
Normalement, (ie sous debian), le script de désinstallation enlève la ligne du menu.lst pour toi.
De toute façon, commenter des lignes à cet endroit du fichier de conf, ca risque de ne pas bien marché dans la mesure où c'est une partie gérée automatiquement par ubuntu (donc si tu commentes, je parie que tôt ou tard, ubuntu remettra le bloc quand même...)