ifconfig c'est du bas niveau. Ca rend juste une interface utilisable, ça lui alloue l'adresse que tu veux, ou whatever, mais "à la main" dans tous les cas.
ifup, ça lit clairement /etc/network/interfaces, et ça fait tout ce qui est demandé en pre-up, puis ça ifconfig up, puis ça alloue l'adresse + masque + default gw qui va bien, ou ça appelle dhclient. (et s'il y a des trucs post-up à faire, ça les fait)
ifdown, même chose dans l'autre sens, pre-down, dhcp-release s'il y a lieu, puis ifconfig down, puis post-down.