Non, historiquement ce n'était pas vraiment recommandé, mais maintenant ça n'a pas vraiment d'importance.
http://raphaelhertzog.com/2011/06/20/apt-get-aptitude-%E2%80%A6-pick-the-right-debian-package-manager-for-you/
Raphael Hertzog, un développeur debian plutôt connu l'explique très bien dans la section "apt-get or aptitude?". 