Ok, dans ce cas faudra que tu bricoles pour éviter que la cible "install" du makefile ne signifie "on fourre tout dans /usr/bin", entre autres.
Ou mieux encore, pas de make install, et tu ajouteras des liens vers les exécutables dans ton /home/machin/bin , ce sera un poil plus propre je pense. Enfin, "propre" au milieu de toutes ces saletés 