Quelque soit la distro, je passe en full TTY temporairement histoire d'avoir le moins de services qui tournent, puis j'effectue les mises à jours, pour revenir sous une session X par la suite.
ça évite les surprises.
Sous SysVinit, c'est juste un runlevel à changer.
Sous systemd, bah je redémarre en désactivant le gestionnaire de sessions utilisateurs, ce qui me droppe dans un TTY.