C'est les ports de FreeBSD qui te proposent d'installer les dépendances. C'est comme pour les packages binaires, c'est lié à un système de paquets/ports particulier (sinon comment savoir le nom du paquet/port à installer pour chaque dépendance ?).
Donc ouais en général c'est dans le README. Si t'as de la chance le ./configure sera capable de déterminer l'emplacement des dépendances comme un grand, sinon t'es bon pour ./configure --help et lui passer les bonnes options pour linker les headers et librairies partagées de chaque dépendance au bon endroit (là où tout est déjà préconfiguré pour un package/port maintenu pour ton système).
Si jamais les dépendances ne sont pas non plus dans les packages/ports, tu continues récursivement, ça peut vite prendre du temps.
J'insiste quand même sur le ./configure (./ devant), c'est un script shell dans le dossier des sources, pas une commande globale (sauf si tu as . dans ton PATH, mais je te le déconseille).
Après le ./configure, make va (normalement) compiler le programme dans le dossier courant, souvent dans un dossier bin, build, ou dist. Tu trouveras un ou des binaires dedans si tout se passe bien, et des .so/.a si tu compiles une librairie.
Si tu veux installer globalement, make install devrait se charger de copier ce qu'il faut dans les dossiers systèmes, mais si y'a pas de règle propre de désinstallation, j'éviterais clairement. Si tu veux installer dans un autre dossier, il y a des chances que le makefile supporte make install PREFIX=/path/to/prefix, dossier dans lequel il recrééera une architecture avec bin, lib, usr/* et ainsi de suite. Mais lis bien la doc (ou look la source du makefile), parce que des fois c'est pas PREFIX mais autre chose.
Si tu veux un exemple, voilà ce qu'il faut faire pour compiler libsodium dans un dossier local (et donc sans avoir besoin de droits root), puis linker toxcore à la librairie installée localement et le compiler lui-même dans le même préfixe : https://github.com/valeriangalliat/tox-user-install/blob/b40f0b03d7683cbd1f4ede15f1ff9e621f1c9c7b/tox-user-install#L40-L70
C'est pas une partie de plaisir, mais je considère ça plus propre que de faire des su -c 'make install' bourrins qui modifient les dossiers systèmes.
Mais ça c'est bien pour des sources non maintenues par ton système, dans le cas des ports officiels sur *BSD (et c'est certainement similaire sous Gentoo), tu peux make install sans problèmes dans la mesure ou c'est prévu par les mainteneurs pour que ça cohabite prorement avec ton système.