C'est ce que j'en ai fais aussi :
Deux disques durs "classiques" clipsés dans un dock Sata vers USB.
Déclaration des disques dur dans mon /etc/fstab
Installation de transmission-deamon
Configuration du fichier de conf
Pilotage via
$ transmission-remote ou bien via l'interface Web
Profit \
/
Pensez à désactiver le DHT, c'est un nid à mayrde ce truc. 