Bon bah c'est moi le noob alors.
J'ai toujours utilisé alsamixer (la variante console de alsamixergui) et j'ai jamais eu de problèmes. Par contre, la merde de gnome je ne sais pas m'en servir (et je ne veux pas en entendre parler).
Petit test. Dans une console :
sudo /etc/init.d/esd stop
sudo killall -9 esd
alsamixergui