Le mieux que je connaisse c'est mednafen.
Mais bon, comme le dit le proverbe :
«Fais une chose, mais fais-la bien !»
Je préfère avoir mon émulateur pour chaque console (fceu pour NES, zsnes pour snes, VisualBoy Advance pour Gameboy, ...). Après, tu peux faire un script idiot en deux ligne qui marchera de la manière suivante :
play jeu.toto
Et la, suivant l'extension, ça te lance le jeu avec la bonne ligne de commande (fceu si toto=nes, etc. )