Cet outil ne te servira pas à grand chose si tu fais tourner un système d'exploitation depuis ton disque dur (tu n'as pas envie de toucher à un disque en cours d'utilisation).
Essaie de faire ça depuis le liveCD de GParted :
http://gparted-livecd.tuxfamily.org/
(et défragmente ta partition ntfs depuis windows avant, ça peut aider)