Non. logout ça ferme ton shell... Or si cron lance un logout, je pense que ça va ouvrir un term, et exécuter logout dans ce term là pour le fermer. Donc en gros ça ne fera rien.
Si tu veux fermer la session proprement, essaie de voir dans le man de kill pour envoyer un signal de terminaison aux applis (plutôt qu'un kill normal).