En fait, c'est ta configuration le problème :
D'un coté, tu as le bios qui boote d'abord sur le disque sata (qui devient alors le 1er disque), et de l'autre tu as windows qui croient que le premier disque c'est forcément un disque IDE maître (en l'occurence, le disque sur lequel windows est).
Ainsi, quand tu arrives avec ton grub, windows est sur hd1 (2ème disque), mais quand tu appelles le bootloader de windows (avec "chainloader +1"), celui-ci essaie d'accéder à ses données sur hd0.
La commande map, ça sert juste à dire :
Maintenant, hd0 tu l'appelles hd1 et vice versa.
Je ne sais pas trop ce que ça fait dans les détails, mais ça suffit à éviter les confusions de disque pour windows. 