Les systemes de fichiers utilisés sous Unix, GNU/Linux comme Ext3 ou ReiserFS sont pensés pour limiter au maximum la fragmentation, c´est pas du FAT32 (ou NTFS dans ue moindre mesure) hein ?
Les seuls cas où la fragmentation se déclare est quand on met de gros fichiers sur une partition quasi pleine (genre remplie a plus de 80-85%). De plus souvent on admet qu´une fragmentation jusqu´à l´ordre de 5% n´est pas forcément nuisible, il faut uniquement s´inquiéter quand la fragmentation atteint des valeurs comme 15-20-30%
Et dans tous les cas, la défragmentation est souvent à éviter, la méthode bourrine mais sure c´est de copier l´intégralité du disque ailleurs, de formater et de recopier les données à nouveau mais bon c´est à faire dans les cas extrêmes, normalement on a quasiment jamais à faire ça.
Bref comme j´ai lu y a pas si longtemps, Windows a eu l´art de faire croire que la defragmentation rendait le PC plus rapide alors que c´est surtout le fait que FAT ou NTFS ralentit le système.
Sous Unix, les FileSystems savent identifier et noter les espaces contigus libres pour éviter la fragmentation depuis plus de 20 ans.