Je ne sais pas comment fonctionne ta société, mais là où je bosse dans 99% des cas les logiciels que nous développons sont spécifiques à chacun des clients. Ainsi si je prends pour exemple l´un des projets sur lequel j´ai bossé, où le client nous avait commandé une webapp permettant de contrôler la gestion du budget d´un de nos chers ministères français, il avait été spécifié que l´application serait « attaquée » par IE7 (webapp implique un browser comme client). De ce fait, que le site s´affiche comme une merde sous Firefox, Opera et même IE6, on s´en bat les roubignoles avec une porte fenêtre. Ainsi en étendant cela, si un beau jour ce fameux client en a marre de gérer ses comptes via un browser et nous demande un client lourd en C++ tournant sous Linux, il est bien évident qu´on cadrera la chose lors de la phase de spécification en recensant les distributions devant héberger la dite application. S´il y en beaucoup de différentes -- choix absurde ne serait-ce que par soucis de maintenance pour le sysadmin -- ben on facture plus cher et on est bien content, car un Linux est un Linux et l´effort à fournir pour faire en sorte que notre soft compile sur plusieurs distributions est carrément dérisoire comparé au coût global du développement.
Il existe aussi des sociétés qui fonctionnent plus au « produit » qu´au « projet » dans le sens où une même application peut être vendue à plusieurs clients différents (c´est le cas du dernier % de ce que nous produisons et c´est peut-être le cas de ta société). Et bien même dans ce cas-là, si un client tient impérativement à avoir un de ces softs qui tourne sous ses Linux on lui facture un max l´intégration et puis point barre.
Ainsi la réponse de ton responsable clientèle, je la trouve davantage absurde que pleine de bon sens car il se ferme un marché sans même savoir si le client est prêt à payer suffisamment pour le développement de l´une de vos applis sous Linux. Le seul cas où sa réponse peut-être justifiée est que vous produisiez des logiciels pour des particuliers (donc n´ayant évidemment pas les moyens de demander un développement pour une plateforme spécifique).
C´est pourquoi je trouve ta question non pertinente car grosso modo les sociétés de développement développent tout et n´importe quoi tant que le client paye, la compétitivité de Linux et de BSD elles s´en tamponnent. S´il y a un marché (des clients et donc du pognon a prendre) la diversité des distributions ce sera le cadet de leurs soucis.