En gros, c´est une part de ton disque dur.
Ta partition, c´est elle qui contient les donnees et le systeme d´exploitation... elle est formatee selon un systeme de fichiers (NTFS, FAT, ext3 ...), souvent propre a un OS (a l´origine) 
Il y a deux types de partition, primaire et logique, et tu ne peut installer que 4 partitions primaires (bootables) sur un DD 
Windows est sur une partition primaire en NTFS 
Donc, dans ubuntu, dans le poste de travail, tu doit voir ta partition windows , qui s´appellera probablement sda1 
Tu va dedans, tu copies tes documents dans ton dossier personnel (/home/xxxx) sur ubuntu, opu sur DVD, ou sur DD externe, comme tu veut.
Puis, tu demarres avec le cd windows, tu installe windows en formatant la partition de ton windows qui marche plus (ce sera la SEULE en NTFS, les autres seront affichees comme ayant un systeme de fichier inconnu 
Puis, une fois windows installe, si et seulement si tu as copies tes documents sur ton dossier perso ubuntu, tu demarre sur le cd ubuntu, et tu copies les documents (dans le poste de travail, trouve la partition correspondant a ubuntu. Quand tu l´ouvres, tu devrais voir des dossiers comme /etc /home /tmp , tu va dans /home/tonnomd´utilisateur, tu copies tous tes doc sur la partition windows. Et hop boulot termine , il te reste plus qu´a installer pilote graphique et compagnie sous windows
Bien sur, ca va plus vite si tu copies tes donnees direct sur un DD externe 