C´est "normal". Le numéro de tes partitions ont changé.
Le plus simple c´est de booter sur le liveCD, de voir qu´elle est la partition qui contient / (disons que c´est /dev/hda5) et de faire :
sudo grub
root (hd0,4)
setup (hd0)
setup (hd0,4)
C´est hd0 pour hda/sda, hd1 pour hdb/sdb, etc.
Et hd0,4 pour hda5, hd1,0 pour hdb1, etc.
Ensuite, il faut encore changer le fichier /etc/fstab (celui de ton ubuntu, donc /media/disk/etc/fstab ou un truc dans le genre) pour mettre les nouveaux numéros de partition pour /, /home et la swap.
Enfin, tu changes le /boot/grub/menu.lst (idem, c´est celui dans /media ou /mnt qu´il faut changer) pour demander à booter sur la bonne partition.