Ce que je faisait, moi (vu que NTFS-3G est pas dans la debian stable), je fait une partition tampon en FAT32, pour y stocker temporairement les fichiers, puis, la fois suivante ou je vais sur Windows, je copie ces fichiers dans la partition NTFS.
Mais vu que je ne vais presque plus sous Windows, je me suis fait une partition en ext3FS, et quand j´ai besoin de les atteindre sous Win, j´utilise un programme qui permet de lire le ext3FS.