Tu branches le disque avec linux en maître et l´autre en escalve.
Ensuite, il faut configurer grub pour qu´il permette de booter sur le disque dur sur lequel il y a windows.
Le disque pour windows c´est un disque sata ou ide ?
Regarde le début du fichier /boot/grub/menu.lst pour voir comment rajouter windows dans la liste de grub. 